A fából faragott barokk főoltárt zömmel Hont vármegye és Koháry István országbíró adományából Hasenmiller János pálos szerzetes tervezte s faragta – András pálos szerzetes segítségével – a hat mellékoltárral együtt 1724 és 1728 között szinte éjjel-nappal.
A szarkofág-idomú stipes mögött kétszintes, hármas tagolású, körbejárható retabulum áll. Ennek hátoldalában Szent Verekundisz és Szent Szeverin ereklyéit helyezte el Berényi Zsigmond püspök a főoltár – egyben a templom – fölszentelésekor, 1729. augusztus 14-dikén. Itt kapott helyet a lengyel püspöki karnak a templom és a magyar nép számára megfogalmazott, márványba vésett 1956-os üzenete is.
A szobrok – jelenleg még – ismeretlen budai szobrász alkotásai. A díszítés és az eredeti oltárkép – Assunta, a Boldogságos Szűz Mária Mennybevételét jelenítette meg – valószínűleg Endrődy Mihály pálos atya munkája. Az oltárképet 1859-ben fa szoborcsoporttal – Szűz Mária két angyallal – cserélték ki. A főoltárt uraló kegykép 1984-ben került mai helyére, a szoborcsoportot pedig a sekrestyében helyezték el. A kegyképtől balra a pálos rend névadója, Remete Szt. Pál dicsőit háncsruhában, jobbján püspöki ornátusban Szt. Ágoston áll, akinek a regulája szerint élnek a pálosok. Az oltárképtől jobbra Remete Szt. Antal szobra látható, aki az Úr sugallatára kereste föl és temette el Remete Szt. Pált. Mellette – több más között – a Szentírást latinra fordító Szt. Jeromos egyháztanító tartja a keresztet. A második szinten balról az „angyali doktor”, Aquinoi Szt. Tamás szobra nyitja a sort. Főoltárra kerülését az indokolta, hogy a neves tudós volt a pálos rend elfogadtatásának szószólója az orvietói pápai udvarnál. A jobb szélen álló szent V. Celestin pápa (Pietro da Morrone), aki remetéből lett Krisztus földi helytartója, majd lemondva szent hivataláról szerzetesrendet alapított. A szint fókuszát a Szentháromság szoborcsoport alkotja, ezt az első és utolsó Árpád-házi sarj, Szent István és –III. András méltatlanul elfelejtett leánya – Árpád-házi Boldog Erzsébet szobra keretezi, aki a svájci Töss domonkos kolostorában életszentség hírében halt meg. Az 1334/36 között Teremtőjéhez költözött királylánynak komoly kultusza alakult ki német földön. Nem lehetetlen, hogy ábrázolását a Frankföldről származó Hasenmiller szorgalmazta. Boldog Erzsébet szűz szobra a magyar szakrális művészetben egyedülálló alkotás. Képi megjelenítése előfordul magyar templomokban, de térbeli ábrázolása a nosztrai bazilikán kívül a római Szent Péter bazilika Magyarok Nagyasszonya kápolnájának domborművén fedezhető föl. Figyelemre méltó még Szent István szobra, ami gyökeresen eltér a szokott, méltóságteljes ábrázolásoktól éppúgy, mint a retabulum többi alakjától. Bazilikabéli párját a Fatimai kápolna Joachim ábrázolásában lehet fölfedezni, s ebben az esetben csak jóval később, az 1750-es évek végén faragta Ruesmann pálos szerzetes. A monumentális főoltárt a Sátánt legyőző Szent Mihály főangyal szobra zárja.
A főoltár dísze a Ruesmann Antal szerzetes munkáját dicsérő hat – eredetileg tizenkettő -, virágdísszel, rokokó cartouche-sal művészi módon faragott, aranyozott fa gyertyatartó. A tabernákulum XIX. századi alkotás.